Am 18. August 1112 gründete Bischof Ulrich von Passau im damaligen Mündungsgebiet der Traisen in die Donau ein Stift für Augustiner-Chorherren. Im Jahre 1244 wurde das Kloster aufgrund dauernder Überschwemmungsgefahr und des ungesunden Sumpfklimas nach Herzogenburg verlegt. An den alten Standort erinnert nur mehr der Name der Ortschaft „St. Georgen“, gelegen bei Traismauer, ca. 10 km nördlich von Herzogenburg.
Im ausgehenden Mittelalter wurde das Kloster durch einfallende Hussiten sowie durch die Truppen des Ungarnkönigs Matthias Corvinus zerstört. Im 16. Jh. vernichtete ein Großbrand sowohl den Oberen als auch den Unteren Markt von Herzogenburg. Propst Georg Eisner und seine Nachfolger stellten die Stiftsanlage wieder her. Aus dieser Zeit hat sich das spätgotische Altstift (an der Südseite der heutigen Anlage) mit seinem prächtig ausgemalten Refektorium erhalten.
In der Reformation sank die Zahl der Konventsmitglieder drastisch. Bald nach der Überwindung dieser Glaubenskrise wurde das Stift durch die Türkeneinfälle bedroht, jedoch konnten diese im Jahre 1683 durch die Stadtbevölkerung unter der Führung des Chorherren Gregor Nast erfolgreich abgewehrt werden.
Nach Ende der schwierigen Zeiten von Reformation und Türkengefahr begann auch in Herzogenburg eine stetige personelle und materielle Konsolidierung. Der barocke Neubau der Stiftsanlage legt Zeugnis davon ab. Im Jahre 1714 wurde mit der Neuerrichtung der Anlage nach Plänen des St. Pöltner Baumeisters Jakob Prandtauer (Stift St. Florian, Stift Melk) begonnen. Der ostseitig gelegene Festsaal und seine Fassade wurden nach Plänen des kaiserlichen Hofarchitekten Johann Bernhard Fischer von Erlach errichtet. Nach dem Tod von Jakob Prandtauer übernahm Joseph Munggenast die Bauführung. Dessen Sohn Franz Munggenast vollendete die Stiftskirche. Die Pläne des barocken Neubaus konnten aber unter anderem aufgrund der hohen finanziellen Belastungen durch die Kriege Maria Theresias nicht vollendet werden: Der Westtrakt der Stiftsanlage wurde nie errichtet. So markiert die Kirchweihe 1785 das Ende der barocken Bautätigkeit im Stift Herzogenburg.
Die Reformen von Kaiser Joseph II. brachten dem Stift zwar nicht die Aufhebung, jedoch musste man tief greifende Veränderungen bewältigen: Viele neu errichtete Pfarren waren mit Pfarrhöfen oder überhaupt erst mit Pfarrkirchen auszustatten, was naturgemäß eine große finanzielle Belastung darstellte. Im Zuge der Klosteraufhebungen erhielt Herzogenburg die beiden aufgehobenen Chorherrenstifte St. Andrä an der Traisen und Dürnstein, allerdings ging damit auch die Verpflichtung einher, in den Pfarren, die diesen Stiften unterstanden hatten, auch die Seelsorge zu übernehmen. Propst Michael Teufel konnte das Stift mit ebenso großer Weitsicht wie Sparsamkeit durch diese Zeit führen.
Wirtschaftlich wurde die Lage in den folgenden Jahrzehnten wieder schwieriger: Nach der „Grundentlastung“ von 1848 fehlten dem Stift die notwendigen Einkünfte aus Robot und Zehent, die für die Erhaltung des Hauses unbedingt notwendig waren. Nur durch große Anstrengungen war es möglich, notwendige Erhaltungsmaßnamen am Stiftsgebäude zu finanzieren. In der Folgezeit sah sich das Stift gezwungen, wertvolle Kunstgegenstände zu veräußern, um ein wirtschaftliches Überleben zu gewährleisten.
Die beiden Weltkriege verstärkten die prekäre Situation, die Geldentwertung der Zwischenkriegszeit tat ein Übriges, um das Stift vollends an den Rand des wirtschaftlichen Ruins zu bringen. Propst Ubald Steiner gelang es, das Stift während der Zeit des Nationalsozialismus vor der Aufhebung zu bewahren.
Mit Kriegsende kam es zur Einquartierung von Flüchtlingen, die sich auf den Zustand des Gebäudes verheerend auswirkte. Auch die sowjetische Besatzungszeit war eine große Belastung für das Stift und seine Umgebung. Nach und nach besserte sich die Situation. Sowohl personell als auch wirtschaftlich trat nach dem Zweiten Weltkrieg eine große Entspannung ein.
Im Jahr 1979 wurde Maximilian Fürnsinn zu Propst des Stifts Herzogenburg gewählt und übte dieses Amt 40 Jahre lang aus. In dieser Zeit wurden nahezu alle wesentlichen Bereiche des Hauses einer Erneuerung unterzogen: das geistliche Leben im Haus wurde ebenso neu geordnet, wie die Wirtschaft. Am sichtbarsten wird das Wirken von Prälat Maximilian aber am Stiftsgebäude, dessen Restaurierung wohl auch ein Spiegelbild für das gesamte Kloster ist.
Es zeigt sich, dass die Geschichte des Stiftes immer auch ein Bild der Höhen und Tiefen der jeweiligen Zeit war. Sie war immer eine Geschichte der Menschen dieses Hauses, der Pröpste, der Konventsmitglieder, der Menschen um das Stift herum. Mehrfach in der Geschichte war das Haus in seiner Existenz bedroht, immer wieder konnte es durch weitsichtige Entscheidungen erneuert und seine Zukunft gesichert werden!
Im Jahr 2019 übernahm Petrus Stockinger die Leitung des Hauses, ihm zur Seite steht als Stiftsdechant Mauritius Lenz. Neue Zeiten bringen neue Herausforderungen mit sich und so geht die Gemeinschaft frohen Mutes, aber auch wachenden Auges in die Zukunft, immer in dem Versuch, der Regel des Hl. Augustinus zu entsprechen, nämlich zu sein, wie „ein Herz und eine Seele auf dem Weg zu Gott“.
