Zu den Schätzen eines Klosters zählt häufig auch ein reichhaltiger Bücherbestand. Er ist der geistige Schatz eines Klosters. Deshalb wurden für die Aufbewahrung der Bücher kostbare Bibliotheksräume geschaffen.

Die spätbarocke Bibliothek des Stiftes Herzogenburg ist kein übertriebener Prunkraum, sondern eher ein eleganter schlichter Studiersaal. Die Ornamentmalerei an Decke und Wänden stammt von Domenico Francia. Die Bücherschränke entwarf Johann Hencke, der auch die prachtvolle Orgel der Stiftskirche geschaffen hat.

Dieser Teil der Stiftsbibliothek, die insgesamt 60.000 Bände umfasst, ist mit ca. 20.000 Werken aus dem 18. Jh. bestückt. Die älteste Handschrift ist ein Psalterium aus dem 12. Jh. Künstlerisch wertvoll sind auch drei Prunkbände mit einem Werk Gregors des Großen, die „Moralia in Hiob“.